Segundo clube mais antigo de Minas Gerais em atividade, o Villa Nova foi fundado em 28 de junho de 1908.
Primeiro clube em atividade a entrar nos gramados mineiros, o que ocorreu na partida em que o Villa derrotou o Combinado de Lagoinha, bairro de Belo Horizonte, por 2 a 1, em Nova Lima, no mesmo dia de sua fundação.
Dois anos depois, contra o Yale, o Villa faturou a primeira taça, ao vencer este rival de então, por 2 a 1. No dia 7 de setembro de 1910, alguns atletas do extinto Sport juntam-se aos atletas do Morro Velho e aos do Villa Nova e realizam a primeira partida interestadual de Belo Horizonte. Essa equipe formada foi denominada Combinado Mineiro. O adversário desse combinado foi o Riachuelo, equipe do Rio de Janeiro.
O Leão foi também o primeiro clube mineiro a formar jogadores que disputariam uma Copa do Mundo com a Seleção Brasileira de Futebol, que foram os craques Zezé Procópio e Perácio, em 1938, quando já não mais jogavam no Villa.
Embora filiado à Liga Mineira desde 1915, apenas em 1927 o Villa Nova foi aceito como participante do Campeonato Mineiro, então Campeonato da Cidade de Belo Horizonte, sob a alegação de que a distância era grande (15 km), e dificultaria o deslocamento dos outros clubes até Nova Lima.
Outro momento de grande importância para o Villa Nova foi a criação da primeira liga profissional de futebol, em 1933, como resultado da presença cada vez maior de interesses econômicos de dirigentes e atletas, decorrentes da popularização do esporte, fato que também acontecia em vários estados do Brasil, assim como outros países nessa mesma época. Entre os grandes clubes mineiros, Atlético e Palestra também aderiram ao profissionalismo, seguindo uma tendência de crescimento e modernização que se manifestava em diversos campos da vida cultural belo-horizontina, enquanto o América permaneceu amador, capitulando ao profissionalismo apenas em 1943, dando espaço para o crescimento de seus rivais citadinos, a partir daí.
Na década de 1930, marcada institucionalmente pela profissionalização, a hegemonia esportiva esteve sintomaticamente nas mãos do Villa Nova, seja pelos títulos conquistados, seja também por outras grandes campanhas nessa década, pois o Leão do Bonfim foi um dos baluartes da profissionalização do futebol em terras mineiras.
O time profissional do Villa Nova participou dos campeonatos promovidos pela Federação Mineira de Futebol desde 1927, exceto o de 1995, quando o Leão disputou e foi campeão do Campeonato Mineiro Módulo II, sendo tetracampeão mineiro (1932, 1933, 1934 e 1935), além de campeão mineiro em 1951. A maior façanha do Villa Nova, entretanto, foi atual Série B do campeonato brasileiro. Em 94 campeonatos mineiros disputados até 2018, o Villa Nova chegou entre os 5 primeiros em 50.
No Villa, já despontaram craques como Arizona, os irmãos Juca, Vaduca e Osório, Anísio Clemente (Seleção Brasileira), Lito, Tião, Gato, Escurinho, Gil (Seleção Brasileira), Totonho, Luizinho (Seleção Brasileira), Perácio, Zezé Procópio, Geninho, Chico Preto, Canhoto, Alfredo Bernardino e tantos outros.
No final de 2014 clube inaugura 1° fase da construção do CT Leão do Bonfim para base e profissional com 3 campos em Nova Lima.
Em sua recheada galeria de troféus destacam-se, como principais títulos:
Profissionais:
1 Brasileiro Série B (1971)
5 Campeonatos Mineiro (1932, 1933, 1934, 1935, 1951)
5 Campeonatos Mineiro do Interior (1984, 1997, 1998, 1999, 2013)
2 Taças Minas Gerais (1977, 2006)
5 Torneios Início (1930, 1932, 1935, 1946, 1953)
1 Campeonato Mineiro Módulo II (1995)
Juniores:
2 Campeonatos Mineiro (1997, 1998)
3 Copas Integração de Juniores (2005, 2008, 2011)
Juvenis:
1 Campeonato Mineiro (1964)